Projet soutenu : Définir les interactions spatio-temporelles circadiennes des cellules immunitaires dans les tumeurs
Christoph Scheiermann et Doron Merkler
Les oscillations circadiennes déterminent l’efficacité des immunothérapies anti-tumorales, en raison des oscillations du niveau d’infiltration des leucocytes et des schémas d’expression des cibles thérapeutiques. L’immunité antitumorale présente une rythmicité circadienne, le nombre de leucocytes infiltrant la tumeur (TIL) oscillant sur 24 heures. Ici, nous visons à utiliser des analyses d’imagerie spatiale d’échantillons de cancer humain, combinées à des approches d’apprentissage automatique et profond, pour définir la localisation de différentes populations de leucocytes à l’intérieur et à proximité des tumeurs de manière dépendante de l’heure du jour. Nous nous appuierons sur les paramètres dépendant de l’heure du jour découverts dans nos ensembles de données précliniques pour définir de nouvelles cibles (chrono-)sensibles à l’immunothérapie chez les patients. Christoph Scheiermann est un immunologiste circadien qui a été le premier à étudier les effets circadiens sur l’immunologie des tumeurs. Son laboratoire a montré que l’heure du jour détermine la quantité et le phénotype des TIL et la réponse à l’immunothérapie (Wang et al., Nature 2023 ; Wang et al., Cell 2024). Ces résultats ont une application clinique immédiate pour l’immunothérapie du cancer, car les essais cliniques rétrospectifs et prospectifs en cours sur des patients atteints de tumeurs indiquent clairement l’efficacité des inhibiteurs de points de contrôle immunitaire en fonction de l’heure du jour. Doron Merkler possède une longue expertise en pathologie expérimentale et humaine et dirige le laboratoire d’analyse d’images de la division de pathologie clinique des HUG. Il a été le pionnier de projets d’analyse d’images pour étudier la biologie des cellules T in situ dans des systèmes modèles expérimentaux et des tissus humains, ce qui sera précieux pour le projet actuel (Di Liberto et al., Cell 2018 ; Page et al., Immunity 2019). Il a mis en oeuvre le projet de pathologie numérique à la division de pathologie clinique des HUG qui a donné lieu à un flux de travail diagnostique à haut débit et accrédité SAS avec un laboratoire informatique associé pour l’analyse d’images à haut débit.