Le projet dirigé par le Prof. Federico Simonetta (Hématologie – HUG) et la Prof. Stéphanie Hugues (UNIGE), intitulé « Décoder le rôle des cellules endothéliales lymphatiques dans la thérapie par cellules CAR-T à l’aide de la transcriptomique spatiale ».
Les thérapies CAR-T ont révolutionné le traitement des hémopathies malignes, offrant un potentiel de guérison pour certaines maladies spécifiques. Des recherches demeurent toutefois nécessaires pour étendre ces bénéfices à une plus large proportion de patients.
Cette proposition de trois ans vise à explorer la manière dont les cellules endothéliales lymphatiques (LEC) orchestrent les réponses immunitaires déterminant le succès ou l’échec de la thérapie CAR-T dans le lymphome diffus à grandes cellules B (DLBCL). À l’aide d’analyses combinées d’immunofluorescence à 10 marqueurs et de transcriptomique
spatiale (Xenium) sur 56 lames FFPE pré-traitement et 10 post-traitement, les porteurs du projet établiront le premier atlas spatial complet centré sur les LEC dans le DLBCL.
Des analyses intégrées d’imagerie segmentée, de cellules uniques et de graphes permettront d’identifier les sous-ensembles de LEC et les programmes géniques associés à la rémission ou à la résistance. Une validation orthogonale (IHC) servira à établir des biomarqueurs candidats pour des cibles thérapeutiques. Ces résultats mettront en lumière un mécanisme critique potentiel de l’échec des CAR-T, orientant le développement de la prochaine génération d’immunothérapies combinées.
L’équipe dirigée par le Dr Federico Simonetta (expertise clinique en thérapies CAR-T) et la Prof. Stéphanie Hugues (biologie des LEC) réunit une combinaison rare d’expertise en oncologie translationnelle et en recherche clinique. Les ressources comprendront les plateformes de séquençage et d’imagerie de pointe du programme GTO, associées à des
outils analytiques spatiaux avancés. Les livrables incluent un atlas spatial en libre accès, des pipelines bioinformatiques et des publications à comité de lecture, avec dépôt des données dans GEO/EGA afin de maximiser l’impact et la reproductibilité.